Caso você tenha ido no menu do lado esquerdo da profitfy e atualizou o seu frete indo em Dados > Frete e agora deseja que esse novo valor atualize para periodos anteriores basta reprocessar/sincronizar os dados do seu gateway, para os dias que você deseja.
Aqui está um artigo mostrando como fazer isso: Como sincronizar o Gateway manualmente? | Profitfy.me
Obs.: Isso se aplica também caso você tenha configurado pela primeira vez o frete e queira que ele contabilize em um período anterior.